حجت‌الاسلام شجونی در رابطه با نظر شهید مطهری درباره تفسیرهای موسوی‌خوئینی‌ها می‌گوید: «صریح بگویم، آقای مطهری معتقد بود که او مارکسیست شده است!» پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی در مطلبی دو روایت از آیت‌الله مهدوی کنی و حجت‌الاسلام شجونی درباره موسوی‌خوئینی‌ها منتشر کرده که مهم‌ترین بخش‌های آن را در ادامه می‌خوانید. این سبک تفسیر، ‌تفسیر کمونیستی است آیت‌الله مهدوی کنی درباره‌ برخورد استاد شهید مطهری با موسوی‌ خوئینی‌ها در کتاب خاطراتش می‌گوید: بعضی‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ها ‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌در بیاناتشان نمی‌خواهم از بعضی اعضای وقت جامعه روحانیت اسم بیاورم،‌ اگر لازم به معرفی باشد، می‌گویم حرف‌هایی می‌زدند که برای منافقین مطلوببیشتر بخوانید