در جلسه رسیدگی به پرونده شهادت طلبه ناهی از منکر نماینده دادستان علت وقوع مرگ خلیلی را اصابت ضربات چاقو عنوان کرد. مادر شهید خلیلی نیز گفت: ما به خاطر اینکه خدا علی را دوباره برگرداند رضایت داده بودیم.