وب سایت آیت الله علم الهدی به دنبال نامه نگاری علی مطهری به وی، متن جوابیه ای را منتشر کرد که در آن به موضوعات و مسائل مطرح شده توسط وی پاسخ گفت.  چندی پیش علی مطهری در دانشگاه فردوسی مشهد اظهاراتی در خصوص حوزه وظایف خبرگان رهبری، فتنه و نظرات مقام معظم رهبری در این خصوص ایراد کرده بود که واکنش قشر متدین و حزب‌الله را در پی داشت. آیت‌الله علم‌الهدی نیز در مقابل چنین ابهام‌آفرینی‌ها، در جلسه درس تفسیر خود در مهدیه مشهد بدون ذکر نام از فردیبیشتر بخوانید