مرکز مدیریت حوزه‌‌های علمیه تهران در پی شهادت علی‌ خلیلی، طلبه شهید پیام تسلیت و بیانیه صادر کرد که در بخشی از آن آمده است: «از خدا می‌خواهیم آنچنان روح اخلاق اسلامی را بر جامعه ما حاکم و جرئت و شهامت برخورد با عاملان اینگونه جنایت‌ها را به مسئولان امر عنایت کند که بعد از این نه تنها شاهد چنین اتفاقاتی نباشیم بلکه شاهد اشد برخوردها با افرادی باشیم که گوش شنیدن امر به معروف و نهی از منکر را ندارند.»
متن کامل این بیانه به شرح زیر است:
«بسم الله الرحمن الرحیم
وَ لْتَکُنْ مِنْکُمْ أُمَّهٌ یَدْعُونَ إِلَى الْخَیْرِ وَ یَأْمُرُونَ بِالْمَعْرُوفِ وَ یَنْهَوْنَ عَنِ الْمُنْکَرِ وَ أُولئِکَ هُمُ الْمُفْلِحُونَ
باید از شما گروهى باشند که (مردم را) به سوى کار خیر دعوت نمایند و به کار نیک امر کنند و از کار زشت بازدارند، و آنهایند که رستگارند. (سوره مبارکه آل عمران آیه ۱۰۴)
شهادت‌ عاشقانه‌ طلبه‌ی ارجمند، متخلق به اخلاق اسلامی و محب حضرت زهرا(س) علی خلیلی را به حضرت بقیه‌الله‌الاعظم(ارواحناله‌الفداء)، نائب بر حقش مقام معظم رهبری حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای(حفظه‌الله)، مدیر محترم حوزه‌های علمیه حضرت آیت‌الله بوشهری دامت توفیقاته، طلاب ارجمند و روحانیون معزز و خانواده محترم ایشان تبریک و تسلیت عرض می‌نماییم.
اکنون دو سال از شنیدن خبر غرورآفرین اقدام شجاعانه و غیرتمندانه‌ ایشان در دفاع از نوامیس و خبر تلخ و جانسوز برخورد دردآور، زشت و جسورانه‌ کسانی که تاب شنیدن حرف حق را نداشتند می‌گذرد.
علی عزیز، اولین طلبه‌ای نبود که مورد جسارت عده‌ای معلوم‌الحال قرار می‌گرفت که طلبه‌های فاضل و ارجمند دیگری نیز، حین انجام فریضه امر به معروف و نهی از منکر مورد جسارت اهل منکر قرار گرفته بودند؛ اما از خدا می‌خواهیم آنچنان روح اخلاق اسلامی را بر جامعه ما حاکم و جرأت و شهامت برخورد با عاملان اینگونه جنایت‌ها را به مسئولان امر عنایت کند که بعد از این نه تنها شاهد چنین اتفاقاتی نباشیم بلکه شاهد اشد برخوردها با افرادی باشیم که گوش شنیدن امر به معروف و نهی از منکر را ندارند.
شاید اگر قوای سه‌گانه، به ویژه نمایندگان مجلس شورای اسلامی و نهادهای مسئول از آغاز انقلاب اسلامی ایران تا کنون دغدغه‌ی تفسیر و تبیین اصل هشتم قانون اساسی را داشتند، امروز حکم قانون و برخورد دستگاه قضا تا این حد برای عاملان برخورد با آمران به معروف و ناهیان از منکر سهل و آسان نبود!
اکنون لازم است اولاً مسئولان محترم دستگاه قضا نسبت به قصاص عاملان و مقصران حقیقی و حقوقی شهادت این طلبه‌ فاضل و ارجمند، اقدامی عاجل، شایسته و اثربخش داشته باشند تا درس عبرتی برای دیگران باشد و امید احیاء فریضه امر به معروف و نهی از منکر را در دلها زنده کند.  ثانیا نمایندگان محترم مجلس در اقدامی هر چند دیرهنگام، با تنظیم و تصویب قوانینی بر اساس اصل هشتم قانون اساسی، نسبت به احیاء این فریضه‌ دینی گام‌هایی ارزشمند و ماندگار بردارند.
امروز به لطف خداوند متعال، در سایه‌سار امن انقلاب اسلامی و ولایت مطلقه‌ فقیه و به برکت خون شهدای انقلاب اسلامی و جنگ تحمیلی اقشار مختلف جامعه به ویژه جوانان میل به دین و دینداری دارند و در خود شهامت و جرات امر به معروف و نهی از منکر را می‌بینند اما این وظیفه مسئولان است که با حمایت قاطعانه از آمران به معروف و ناهیان از منکر راه را برای این جوانان هموار کنند.
در پایان کلام ناب مقام عظمای ولایت حضرت آیت‌الله خامنه‌ای(مد ظله العالی) را یادآور می‌شویم که خطاب به مسئولان فرمود: وظیفه‏‌ى ما، مسئولین، قانون‏گذاران و مجریان است که راه و زمینه را براى اجراى این واجب الهى هموار و فراهم کنیم. امروز بحمد اللّه مجلس شوراى اسلامى، مجریان، مسئولین کشور و دستگاه قضائی، همه از خود این ملتند. مبادا در گوشه و کنار، یا در دستگاه انتظامى یا قضائی، کسانى باشند که راه را جلو آمر به معروف و ناهى از منکر سد کنند! مبادا کسانى باشند که اگر کسى امر به معروف و نهى از منکر کرد، از او حمایت نکنند، بلکه از مجرم حمایت کنند! البته خبرهایى از گوشه و کنار کشور، در بعضى از موارد به گوش من مى‏رسد. هرجا که بدانم و احساس کنم و خبر اطمینان‏ بخشى پیدا کنم که آمر به معروف و ناهى از منکر، خداى نکرده مورد جفاى مأمور و مسئولى قرار گرفته، خودم وارد قضیه خواهم شد.
بار دیگر شهادت‌ طلبه گرانقدر علی خلیلی را به خانواده محترم آن مرحوم، خصوصا مادر داغدارش تبریک و تسلیت عرض می‌نماییم. از خداوند منان برای ایشان صبر و اجر جزیل و برای آن فقید سعید، علو درجات را خواستاریم.
و السلام علی من اتبع الهدی»