وی همچون رسم قدیم حوزه در کنار تحصیل در مقاطع بالاتر به تدریس آموخته های خود در مقاطع پایین حوزه پرداخت که شاخص آن تدریس اصول مظفر در دهه شصت هجری شمسی بود و هم اکنون نیز از استادان مطرح مباحث فقه و اصول و خاصه کتاب مکاسب در حوزه و دانشگاه رضوی می باشد.

حجت الاسلام عاملی از سال ها پیش تا کنون مدیر مسؤل نشریه ای به صاحب امتیازی دانشگاه علوم اسلامی رضوی با عنوان کنونی فصلنامه پژوهش های اجتماعی اسلامی است که سابق بر این قبل از کسب اعتبار علمی به نام اندیشه حوزه منتشر می شد.

مدیر جدید حوزه علمیه خراسان مقالات متعددی با عناوین روشنفکری، مدرنیته و عقلانیت اسلامی، راهبردهای علمی وحدت حوزه و دانشگاه، ضرورت تبیین جامعه ی دینی و واکاوی ریشه های پیام نهضت خدمت رسانی و پیام جهاد اقتصادی از آن موارد است. آخرین نسخه این فصلنامه علمی در بهمن ماه ۹۴ در موضوعات علمی، فرهنگی و سیاسی اجتماعی منتشر شده است.
لازم به ذکر است مقام معظم رهبری طی حکمی حجت الاسلام سید مصباح عاملی را به مدیریت حوزه علمیه و عضویت در شورای حوزه علمیه خراسان منصوب کرد.