حجه الاسلام سید محسن دعایی در مدت ۴ سال مسئولیت خود در قسمت آموزش بنیاد باقرالعلوم با یک کار منظم ، ۱۲ برنامه آموزشی در حد فوق لیسانس پیوسته برای رشته های علمی این مرکز طراحی کرد که پس از تنظیم نظام آموزشی آن مورد تایید رسمی وزارت علوم نیز قرار گرفت. این طرح چندی بعد به عنوان هسته اصلی سیستم آموزشی موسسه در راه حق ( زیر نظر ایت الله مصباح یزدی) قرار گرفت. او همچنین دوره ویژه آموزش معارف اسلامی را در مرکز جهانی علوم اسلامی تأسیس کردبیشتر بخوانید