سید محسن دعایی در مدت ۴ سال مسئولیت خود در قسمت آموزش بنیاد باقرالعلوم با یک کار منظم ، ۱۲ برنامه آموزشی در حد فوق لیسانس پیوسته برای رشته های علمی این مرکز طراحی کرد که پس از تنظیم نظام آموزشی آن مورد تایید رسمی وزارت علوم نیز قرار گرفت.

این طرح چندی بعد به عنوان هسته اصلی سیستم آموزشی موسسه در راه حق ( زیر نظر ایت الله مصباح یزدی) قرار گرفت.

او همچنین دوره ویژه آموزش معارف اسلامی را در مرکز جهانی علوم اسلامی تأسیس کرد و ۵ سال هم مدیریت آن را به عهده داشت. این دوره خاص نخبگان طلاب غیر ایرانی بود که از حدود ۱۴ الی ۱۵ ملیت، قوی ترین طلاب را در یک پروسه پذیرش علمی مورد آموزش های پیشرفته و جامع قرار داد طوریکه کلیه فارغ التحصیلان این دوره در حال حاضر از بهترین طلاب مرکز جهانی هستند.

سید محسن دعایی دوران آموزش ابتدایی را در یزد و مدرسه جمع تعلیمات اسلامی که از معدود مدارس اسلامی دوران طاغوت بود، گذراند و پس از پایان دوره راهنمایی در حوزه علمیه یزد ، قم و نجف به ادامه تحصیل پرداخت .پس از انقلاب نیز به مدت ۱۶ سال در قم ، در کنار آموزش های مرسوم حوزه، عالی ترین دورهای سطح خارج فقه و اصول را در مؤسسه آموزشی راه حق و بنیاد فرهنگی گذراند.

او همچنین در زمینه اخلاق و عرفان از محضر اساتیدی چون مثل ایت الله بهجت ، مظاهری ، مصباح و … بهره برده است.

سید محسن دعایی فعالیت های پژوهشی و برنامه ریزی خود را در آستان قدس رضوی نیز دنبال کرده است.