در جلسه رسیدگی به پرونده شهادت طلبه ناهی از منکر نماینده دادستان علت وقوع مرگ خلیلی را اصابت ضربات چاقو عنوان کرد. مادر شهید خلیلی نیز گفت: ما به خاطر اینکه خدا علی را دوباره برگرداند رضایت داده بودیم.

بیانیه حوزه علمیه تهران در پی شهادت علی خلیلی؛ مرکز مدیریت حوزه‌‌های علمیه تهران طی بیانیه و پیام تسلیتی به مناسبت شهادت علی‌ خلیلی، بر تنظیم و تصویب قوانینی بر اساس اصل هشتم قانون اساسی، نسبت به احیای فریضه‌ دینی امر به معروف و نهی از منکر تأکید کرد.