وی جهالت در جامعه را عامل اصلی عقب‌ماندگی‌ها دانست و بیان داشت: اگر جامعه رو به جهالت باشد، بدترین بدبختی‌ها به وجود خواهد آمد و بر عکس، هر چه جامعه بیشتر به طرف علم برود، باعث برتری آن خواهد شد.
این مرجع تقلید هدف اصلی از تأسیس دانشگاه‌ها را پرورش و تربیت انسان‌های دانشمند و متعهد دانست و افزود: دانشجویان عزیز ما باید در همه رشته‌هایی که اشتغال به آن دارند، اهتمام کنند که هم از جنبه‌های دینی و تربیتی پیشرفت نمایند و هم از جنبه‌های علمی ترقی کنند، و اگر در هر کدام از این دو عقب‌ بمانند، اسباب گرفتاری و ظلمت خواهد شد، دانشگاه‌ها باید محلی باشد برای پرورش و تربیت انسان‌های دانشمند و متعهدی که خدمتگزار دین و مردم باشند.
وی با اشاره به گزارش ریاست این دانشگاه اظهار داشت: الحمدلله فعالیت‌های علمی و دینی خوبی داشته‌اید، مهم این است که همه به دنبال عمل به وظایف شرعیه و جلب رضای خداوند باشیم؛ و اگر در این طریق سیر کنیم، وجود مبارک حضرت ولیّ‌عصر عجل الله تعالی فرجه الشریف اول کسی است که از آن خوشحال می‌شوند، و اوّل کسی هم که از نقص‌ها و عقب‌ماندگی‌های علمی و دینی ما ناراحت می‌شوند وجود عزیز آن حضرت هستند.
حضرت آیت الله صافی با اشاره به ویژگی‌های ممتاز شهر قم ادامه داد: دانشگاه‌های قم هم باید نسبت به دانشگاه‌های دیگر کشور و جهان، الگو و افتخار باشند، هم از نظر پیشرفت علمی و ترقی در دانش، و هم از نظر اخلاقی و تربیتی. باید دانشگاه‌های قم از همه جهات، الگو و نمونه باشند.
وی عنوان کرد: مسئولیتی که پذیرفته‌اید بسیار مهمّ و خطیر و البته در صورت موفقیت، دارای اجر بسیار است و شغل انبیاست. آن را دست کم نگیرید و بدانید کوتاهی در این کار بزرگ، خیانت به اسلام و جامعه مسلمانان است. اولاً قدردان و شاکر توفیق خدمت در این مسئولیت باشید، و ثانیاً اهتمام نمایید با عمل به وظایف شرعی در این مسیر، موجبات عزّت و عظمت جامعه‌ی اسلامی را فراهم کنید.